在第3学期末学校为每位学员指派一名毕业设计（论文）指导老师。学员在申报选题并经学校确定后进入设计（论文）撰写阶段。
专科学员只提交设计（论文），专升本学员必须参加设计（论文）答辩。答辩在南昌学习中心进行，西南科大指派巡答辩老师参加，其它答辩委由答辩委员会指派，按专业分答辩小组，每小组由一名组长和二名组员三人组成，答辩秘书由组员兼任。
学员在答辩前须提交纸质设计（论文）文稿一式三份，并分别由指导老师和评审老师签好评审意见后方可参加答辩。
答辩程序：学员针对自己所做的设计（论文）进行五分钟陈述，主要从先题依据，工作方法，主要内容和新颖点和创新点等方面进行简单介绍。然后由答辩委就学员设计（论文）进行提问。提问主要考察学员对该领域的了解成度和设计本身是否大部分为原创，并进一步规范学员的设计（论文）。
答辩完成后学员根据评委提出的意见进行修改后装订成册，并提交纸介版和电子版。
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